ניתן למצוא מספר האוניברסיטאות הבולטות באורוגוואי. האוניברסיטה של ​​הרפובליקה היא המכון הגדול והיוקרתי ביותר של השכלה גבוהה הממוקמת במדינה, אשר מושך אליו תלמידים מכל רחבי הדרום אמריקה וברחבי העולם.

דרישות לתכנית הדוקטורט כרוכות לעתים קרובות התלמיד שכבר השיג את התואר שני. בנוסף, תזה או עבודה מורכבת בעיקר של מחקר אקדמי המקורי יש להגיש. במדינות מסוימות, עבודה זו עשויה גם צריכה להגן מול פנל.