יש מידה רבה של מוסדות להשכלה גבוהה ברחבי קירגיזסטן. זה כולל סביב שלושים ושבע אוניברסיטאות ציבוריות ושמונה עשר אוניברסיטאות פרטיות. בולטות אוניברסיטאות בקירגיזסטן כוללות את האוניברסיטה של ​​מרכז אסיה ובאוניברסיטה הלאומית הקירגיזית.